解析手法 【RNA-seq解析 Part 3】マッピング（アライメント）のやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルの前処理・クオリティチェックを行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 リードの配列と既知の配列（リファレンス配列）を比較し、リードがどこのDNA領域に由来するかを特定するプロセス... Read more
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解析手法 【RNA-seq解析 Part 2】FASTQファイルの前処理・クオリティチェックのやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます... Read more
解析手法 【RNA-seq解析 Part 1】SRAからFASTQをダウンロードする方法を詳しく解説！
はじめに 今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます（図1）。誰でも再現できるよう... Read more
解析手法 【Part 0】RNA-seq解析（ドライ解析編）の流れを詳しく解説！
はじめに RNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか？」、「どの解析ツールを使えばいいのか？」「次の解析は何をしたらいいのか？... Read more
遺伝子の解析手法 次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく解説！
はじめに 本記事では代表的な次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく、そして詳しく解説して行きます。次世代シークエンスを扱う上で必須の知識や用語についても同時に解説していきます。次世代シークエンサーを用い... Read more
エピジェネティクス エピジェネティクスとは何か？ヒストン修飾とDNAメチル化による遺伝子発現調節機構について詳しく解説！
はじめに ヒトゲノムは30億塩基対もの大きさがあり、かなり凝縮して核内に収納されています。この時、染色体は無秩序に核内に詰め込まれている訳ではなく、ヒストンというタンパク質に巻きついて収納されています。ここで重要なことは... Read more
生化学 DNAはなぜ負に帯電しているのか？酸解離定数pKaについても詳しく解説！
はじめに DNAは生理的な条件（＝中性条件）では、DNAに含まれるほとんんどのリン酸が電離して負電荷を帯びています。これは、酸に固有の定数である酸解離定数pKaについて学ぶことで、理解することができます！ pKaについて... Read more
転写とRNA修飾 RNAスプライシング、5’キャップ、ポリA、mRNAワクチンの化学修飾など、RNAの修飾について詳しく解説！
はじめに mRNAは転写された後様々な修飾を受けます。特に5’キャップ、RNAスプライシング、3’ ポリアデニル化の3つの転写後修飾は有名であり、重要です。今回はこの3つの修飾機構だけでなく、非翻訳RNAの転写後修飾や、... Read more
転写とRNA修飾 細胞の運命を変える！？RNAの転写調節機構を詳しく解説！
はじめに RNAの転写調節は細胞の運命決定に関わる非常に重要なものです。転写される遺伝子群が変化すれば細胞の種類が変化してしまうほどです。2012年のノーベル医学生理学賞で有名なiPS細胞もRNAの転写を人工的に変化させ... Read more
RNAの基礎知識 RNAはなぜ存在しているのか？RNAの構造、機能を詳しく解説！
はじめに 生物の主要構成要素であるタンパク質は、DNAから直接合成されるのではなく、RNAが中間体として使われます。DNAからRNA、RNAからタンパク質という順番で遺伝情報が伝わっていくことをセントラルドグマと言います... Read more