解析手法 【RNA-seq解析 Part 3】マッピング（アライメント）のやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルの前処理・クオリティチェックを行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 リードの配列と既知の配列（リファレンス配列）を比較し、リードがどこのDNA領域に由来するかを特定するプロセス... Read more
解析手法 
AI 深層学習（ディープラーニング）の基礎入門：ニューラルベットワークの仕組みについてわかりやすく解説！
はじめに 今回は深層学習の仕組みについて解説します。深層学習は、人工知能（AI）の一分野であり、大規模なデータセットからデータの特徴を学習し、複雑な問題を解決する能力を持っています。深層学習の応用範囲は多岐にわたり、医学... Read more
解析手法 【RNA-seq解析 Part 2】FASTQファイルの前処理・クオリティチェックのやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます... Read more
解析手法 【RNA-seq解析 Part 1】SRAからFASTQをダウンロードする方法を詳しく解説！
はじめに 今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます（図1）。誰でも再現できるよう... Read more
解析手法 【Part 0】RNA-seq解析（ドライ解析編）の流れを詳しく解説！
はじめに RNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか？」、「どの解析ツールを使えばいいのか？」「次の解析は何をしたらいいのか？... Read more
解析手法 次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく解説！
はじめに 本記事では代表的な次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく、そして詳しく解説して行きます。次世代シークエンスを扱う上で必須の知識や用語についても同時に解説していきます。次世代シークエンサーを用い... Read more
解析手法 公共データを再利用してRNA-seq解析をするために！SRAデータベースの基礎知識を解説！
はじめに 今回は次世代シークエンサー（next-generation sequencer; NGS）を用いたRNA-seq解析の基礎知識について解説します。はじめてRNAseq解析をはじめる方、途中で挫折してしまった方、... Read more
フローサイトメトリー フローサイトメトリーの解析に必須の知識！コンペンセーションの原理・やり方を詳しく解説！
はじめに フローサイトメトリー（FCM）では複数の蛍光色素を用いて、マルチカラー解析を行うことができます。マルチカラー解析では「コンペンセーション（蛍光補正）」というステップが必須で、デブリ（細胞片やゴミ）やダブレット、... Read more
フローサイトメトリー フローサイトメトリーの解析に必須の知識！ダブレット除去の原理・やり方を詳しく解説！
はじめに ダブレットとは2個の細胞凝集塊のことを言います。フローサイトメトリー（FCM）ではシングルセルレベルで解析を行うため、解析時に必ずダブレット除去を行います。もしダブレット除去を行わずに解析をしてしまうと、再現性... Read more
フローサイトメトリー フローサイトメトリー（FCM）の原理をできるだけ簡単に、わかりやすく解説！
はじめに 今回はフローサイトメトリー（flow cytometry; FCM）という技術について、できるだけわかりやすく解説します。FCMは細胞のサイズ、細胞内構造の複雑さ、細胞表面及び細胞内分子の発現をシングルセルレベ... Read more