解析手法 【RNA-seq解析 Part 3】マッピング（アライメント）のやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルの前処理・クオリティチェックを行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 リードの配列と既知の配列（リファレンス配列）を比較し、リードがどこのDNA領域に由来するかを特定するプロセス... Read more
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解析手法 
解析手法 【RNA-seq解析 Part 2】FASTQファイルの前処理・クオリティチェックのやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます... Read more
解析手法 【RNA-seq解析 Part 1】SRAからFASTQをダウンロードする方法を詳しく解説！
はじめに 今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます（図1）。誰でも再現できるよう... Read more
解析手法 【Part 0】RNA-seq解析（ドライ解析編）の流れを詳しく解説！
はじめに RNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか？」、「どの解析ツールを使えばいいのか？」「次の解析は何をしたらいいのか？... Read more
解析手法 次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく解説！
はじめに 本記事では代表的な次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく、そして詳しく解説して行きます。次世代シークエンスを扱う上で必須の知識や用語についても同時に解説していきます。次世代シークエンサーを用い... Read more
解析手法 公共データを再利用してRNA-seq解析をするために！SRAデータベースの基礎知識を解説！
はじめに 今回は次世代シークエンサー（next-generation sequencer; NGS）を用いたRNA-seq解析の基礎知識について解説します。はじめてRNAseq解析をはじめる方、途中で挫折してしまった方、... Read more
エピジェネティクス エピジェネティクスとは何か？ヒストン修飾とDNAメチル化による遺伝子発現調節機構について詳しく解説！
はじめに ヒトゲノムは30億塩基対もの大きさがあり、かなり凝縮して核内に収納されています。この時、染色体は無秩序に核内に詰め込まれている訳ではなく、ヒストンというタンパク質に巻きついて収納されています。ここで重要なことは... Read more
遺伝学 DNAとゲノム、染色体、遺伝子の違いとは？
はじめに DNA、ゲノム、染色体、遺伝子、核酸など、生命の設計図を表す用語は複数あります。これらの用語は非常に重要なのですが、正しく理解して説明できる人は少ないのではないでしょうか？本記事ではこれらの違いだけでなく、混乱... Read more