解析手法 【Part 2】FASTQファイルの前処理・クオリティチェックのやり方について詳しく解説！
はじめに 前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます... Read more
RNA-seq
解析手法 
解析手法 【Part 1】SRAからFASTQをダウンロードする方法を詳しく解説！
はじめに 今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます（図1）。誰でも再現できるよう... Read more
解析手法 【Part 0】RNA-seq解析（ドライ解析編）の流れを詳しく解説！
はじめに RNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか？」、「どの解析ツールを使えばいいのか？」「次の解析は何をしたらいいのか？... Read more
解析手法 公共データを再利用してRNA-seq解析をするために！SRAデータベースの基礎知識を解説！
はじめに 今回は次世代シークエンサー（next-generation sequencer; NGS）を用いたRNA-seq解析の基礎知識について解説します。はじめてRNAseq解析をはじめる方、途中で挫折してしまった方、... Read more