解析手法 【RNA-seq解析 Part 3】マッピング(アライメント)のやり方について詳しく解説! はじめに 前回はFATSQファイルの前処理・クオリティチェックを行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 リードの配列と既知の配列(リファレンス配列)を比較し、リードがどこのDNA領域に由来するかを特定するプロセス... Read more 2024.06.30 解析手法遺伝子の解析手法
解析手法 【RNA-seq解析 Part 2】FASTQファイルの前処理・クオリティチェックのやり方について詳しく解説! はじめに 前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます... Read more 2023.09.03 解析手法遺伝子の解析手法
解析手法 【RNA-seq解析 Part 1】SRAからFASTQをダウンロードする方法を詳しく解説! はじめに 今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます(図1)。誰でも再現できるよう... Read more 2023.07.20 解析手法遺伝子の解析手法
解析手法 【Part 0】RNA-seq解析(ドライ解析編)の流れを詳しく解説! はじめに RNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか?」、「どの解析ツールを使えばいいのか?」「次の解析は何をしたらいいのか?... Read more 2023.07.06 解析手法遺伝子の解析手法